L'episodio comincia con il Professor Gasparago Aralia che esce esausto dalla Cava Pietrelettrica. La Professoressa Aralia, sua figlia, lo aiuta e lo accudisce per fargli recuperare le forze.
Dopo aver discusso di varie cose, Ash, Iris e Spighetto decidono di accompagnare il Professor Gasparago in una rovina che esplorerà.
Il gruppo saluta la figlia di Gasparago (Aralia), e incomincia il suo viaggio verso la rovina. Si accampano la notte in un bosco, dove Gasparago racconta una storia riguardante Zekrom.
La mattina dopo, arrivano all'entrata della rovina; subito entrati, mentre Gasparago decifra dei geroglifici, Ash e gli altri notano una statua di un Venipede. Spighetto tocca la statua, e misteriosamente si apre un passaggio.
Una volta entrati in questo passaggio, un enorme masso comincia a seguire il gruppo, che si mette in salvo solo grazie all'aiuto del Pansage di Spighetto.
Dopodiché, si continua l'esplorazione, e si arriva in un luogo con due ponti di legno. Ash e Spighetto provano ad attraversarlo ma il ponte cade, e i due riescono, nonostante tutto, a mettersi in salvo.
Dopo il piccolo incidente, l'Axew di Iris avvisa il gruppo di aver scoperto un nuovo posto da visitare.
Seguendo Axew, arrivano al posto indicato dal Pokémon, e notano che la strada si divide in altre tre strade che finiscono in tre grotte, raffiguranti Golett, Krokorok e Darumaka.
Il gruppo sceglie la grotta di Darumaka ma un muro di fuoco impedisce di entrare; il muro di fuoco è poi spento dal Stunfisk di Ash.
Tornano indietro e scelgono questa volta la grotta di Krokorok: giungono alla fine del sentiero, che si scopre essere un vicolo cieco.
Mentre stanno tornando un indietro un muro impedisce al gruppo di proseguire l'esplorazione.
Iris, a questo punto, fa uscire dalla Pokéball Excadrill, che rompe il muro usando Ferrartigli.
Intraprendono alla fine l'ultimo sentiero rimasto, quello di Golett: questo porta ad una grande sala piena di sarcofagi.
Gasparago va verso il centro della sala, dove c'è una sfera, di cui il Professore annota alcuni dettagli.
Ad un certo punto, appare Sigilyph che attacca il gruppo con Psicoraggio; dopodiché Pikachu attacca con Fulmine ma il Pokémon nemico risponde con Speculmossa, che riflette il Fulmine di Pikachu contro i suoi nemici.
Per finire, Sigilyph finisce Pikachu con Ipnosi.
Gasparago prende la sfera, e con il resto del gruppo, comincia a scappare da Sigilyph.
Arrivano in una sala, dove un Cofagrigus abbandona un sarcofago e attacca il gruppo con Telecinesi. Pansage, su ordine di Spighetto, attacca con Fossa; dopodiché Cofagrigus attacca con Fuocofatuo, ma Pansage evita e lo colpisce con Solarraggio.
Giungono in un'altra sala, dove ci sono molti sarcofagi, da cui escono molti Cofagrigus: il gruppo scappa, ma incontra nuovamente Sigilyph.
I Cofagrigus usano Telecinesi, e portano il gruppo in una laguna, dove, con la sfera, apprendono la storia di Zekrom.
Dopo varie scene, il gruppo si ritrova fuori dalle rovine con un importante insegnamento.
Ash, Iris e Spighetto salutano Gasparago e continuano il loro cammino.
L'episodio termina con l'apparizione di un Krokorok con indosso degli occhiali.